Место действия игры – футуристический Токио, в котором Кен (над его дизайном трудился Keiji Nakaoka, дизайнер персонажей Lost Planet), протагонист Ninja Blade, сражается за права простых японских самураев. В отличие от Ninja Gaiden II, арсенал главного героя заполняют всего три оружия, между которыми можно переключаться в режиме реального времени: katana (быстрые атаки, которыми можно застать врасплох врага), Souken (двойные мечи, легко заменяют нунчаки в бою) и Taiken ( тяжёлый меч, в основном используется против супостатов с тяжёлой бронёй).

За годы существования столица Японского государства не раз подвергалась нападениям недругов. Паразиты Carriers, способные превратить в зомби любое живое существо, притаились и ждут своего часа. Усмирять злобных гадов предстоит Кену и его верному клинку (традиционный апгрейд оружия на месте).

Особенности игры:

* Сражайтесь на руинах настоящего Токио
* Бросьте вызов гравитации, гасите пламя и замедляйте время
* Задействуйте комбо-приемы и способности ниндзя